Монастырские власти были духовными наставниками всех ярославских князей, что позволяло им вмешиваться в дела княжеского дома, влиять на политику князей, соблюдая при этом свои интересы. Подклет Спасского собора служил местом последнего упокоения ярославских удельных князей. Здесь погребены Федор Черный, его сыновья Давид и Константин, Василий Грозные Очи, вплоть до последнего местного правителя - князя Александра, погребенного уже после присоединения Ярославля к Москве, в 1471 г.

В 1463 году в подклете Входоиерусалимской церкви были обретены мощи Ярославских Чудотворцев - Святых Благоверных князей Федора, Давида и Константина. Между 1463 и 1473 гг. в Москве по заказу Ивана III и митрополита Филиппа было написано житие Федора Черного, и ярославские чудотворцы вошли в создававшийся в то время пантеон общерусских святых, одновременно став главной святыней Ярославля.

Во время пожара 1501 года сильно пострадали строения монастыря. Большой ущерб был нанесен Спасо-Преображенскому собору, его пришлось разобрать. На фундаменте этого собора в 1506-1516 годах был построен новый каменный храм. Московский князь Василий III всячески содействовал этому строительству. Строили собор мастера, присланные князем из Москвы, строили по образу храмов Московского Кремля. Сейчас Спасо-Преображенский собор — древнейшее строение Ярославля, дошедшее до наших дней.

В XVI веке с восточной стороны на монастырской площади была возведена большая звонница. В нижнем ярусе размещалась церковь, апсида которой и поныне видна с восточной стороны. Она имела своеобразный иконостас, написанный прямо на стене. К северной стороне звонницы примыкала высокая двухярусная галерея, соединявшая ее с собором. В XVI веке звонница имела высокий сводчатый проезд на хозяйственный двор монастыря. Верх звонницы, там, где у современной звонницы висят колокола, увенчали двумя огромными каменными шатрами. Арки старого яруса звона хорошо видны и сейчас. Тогда звонница была значительно ниже.

Источник: www.moi-jaroslavl.ru